با توجه به اهمیت و ضرورت پژوهش، بی شک یکی از مهمترین رسالت های هر واحد دانشگاهی اهتمام ورزیدن به تحقیقات کاربردی و پژوهش های علمی است که بیمارستان آموزشی و درمانی طالقانی نیز اهتمام ویژه ای به انجام و ارتقاء کیفی و کمی پژوهش دارد. بدین منظور معاونت پژوهشی بیمارستان با تنظیم سیاستهای پژوهشی و تحقیقاتی و اجرای راهکارهای مختلف تلاش می نماید تا اعضای محترم هیات علمی و دانشجویان با تلاش مضاعف به انجام تحقیقات کاربردی قابل رقابت و با توجه به نیازهای پزشکی کشور اقدام نمایند. معاونت پژوهشی با همکاری تمام اعضاء هیات علمی و دانشجویان ، تلاش برنامه ریزی شده ای برای هدایت و حمایت دانشجویان و ایجاد بستر مناسب برای فعالیت های علمی و پژوهشی به عمل آورده و می آورد. حاصل این تلاش دسته جمعی تدوین پایان نامه ها و چاپ مقالات در مجلات معتبر بوده است.